45 лет отдал святитель Иннокентий делу просвещения народов Камчатки, Алеутских островов, Северной Америки, Якутии, Хабаровского края, совершая свой апостольский подвиг в суровых условиях, с большими опасностями для жизни. Святитель Иннокентий крестил десятки тысяч людей, строил храмы, при которых основывал школы и сам обучал в них основам христианской жизни. Много помогало ему в трудах знание различных ремесел и искусств.
Святитель Иннокентий был замечательным проповедником. Совершая литургии, молебны и всенощные бдения, он неизменно наставлял паству. Во время многочисленных поездок святитель Иннокентий изучал язык, быт и нравы народов, среди которых проповедовал. Его труды по географии, этнографии и языкознанию получили мировую известность. Он составил алфавит и грамматику алеутско-лисьевского языка и перевел на него Катехизис, Евангелие и многие молитвы. Одно из лучших его произведений, «Указание пути в Царство Небесное» (1833 г.), переведено на разные языки малых народов Сибири и выдержало более 40 изданий. Благодаря трудам святителя Иннокентия в 1859 г. впервые услышали Слово Божие и богослужение на своем родном языке якуты.